Mohamed Salah inizia la sua carriera da calciatore professionista nel 2008, quando debutta con il suo nuovo club, l’Al-Mokawloon. Il 3 dicembre 2010 subisce la sua prima ammonizione in carriera, rimediata durante la partita di campionato con l’El-Masry; nello stesso mese realizza anche il suo primo gol in carriera, durante il match contro l’Al-Ahly. Realizza la sua prima doppietta in carriera il 26 maggio, in occasione della partita di campionato contro lo Smouha. Conclude la sua prima stagione tra i professionisti con 21 partite giocate e 4 gol segnati durante il campionato. Inizia nel migliore dei modi la sua quarta stagione con i gialloneri; infatti segna una rete, a partita, durante i match di campionato nel mese di dicembre e, il 9 gennaio 2012 realizza la sua prima doppieta della stagione 2011-2012 ai danni dell’El Dakhleya.
Il 10 aprile 2012 il Basilea, club svizzero dell’omonima città, ufficializza il tesseramento del calciatore egiziano dal prossimo 1º luglio 2012, dopo aver firmato un contratto per le prossime quattro stagioni. Il 10 aprile 2013, ai quarti di finale dell’Europa League, Mohamed Salah segna il suo primo goal in una competizione europea, con la maglia del Basilea, contro il Tottenham: rete che ha sbloccato la partita e che ha permesso agli svizzeri di passare il turno, dopo i calci di rigore. Il 2 maggio segna contro il Chelsea il gol del momentaneo 1-0; si tratta del suo secondo gol nella competizione.
Il giornalista ed esperto di calcio estero Antonello Gallo ha riportato sul suo profilo Facebook ha riportato alcuni aggiornamenti, sulla situazione: “Arrivano altre conferme dell’interessamento partenopeo anche dall’Inghilterra su Salah, che sarebbe disponibile ad un prestito. Il problema verrebbe però dalla contemporanea richiesta dell’ex club dell’egiziano, il Basilea, che ne gradirebbe il ritorno seppure a tempo”.